Lamarr alimentaba un profundo rencor por el régimen nazi, por lo que había ofrecido al gobierno de los Estados Unidos toda la información confidencial que disponía gracias a los contactos de su ex marido. Además, consideraba que su inteligencia podía contribuir a la victoria aliada. Así, se puso a trabajar para la consecución de nuevas tecnologías militares.Hedy sabía que los gobiernos se resistían a la fabricación de un misil teledirigido por miedo a que las señales de control fueran interceptadas o interferidas fácilmente por el enemigo, y que pudieran inutilizar el invento o incluso usarlo en su contra.
Hedy Lamarr y el compositor George Antheil recibieron el número de patente 2.292.387 por su sistema de comunicaciones "secreto". Esta versión temprana del salto en frecuencia (una técnica de modulación de señales en espectro expandido) usaba un par de tambores perforados y sincronizados (a modo de pianola) para cambiar entre 88 frecuencias y se diseñó para construir torpedos teledirigidos por radio que no pudieran detectar los enemigos.
En la patente del 11 de agosto de 1942 puede leerse la inscripción H. K. Markey et al.. Las iniciales H. K. son las de Hedwig Kiesler (Hedy Lamarr); Markey era su apellido de casada en ese entonces.
El hecho de que sus patentes fueran concedidas con el nombre de casada y no por el nombre artístico impidió que su contribución recibiera el debido reconocimiento en su momento.
Poco tiempo después, el 1 de octubre de ese mismo año, aparecía en The New York Times la primera mención pública del invento, a pesar de lo cual las autoridades de la época no consideraron la posibilidad de su realización práctica inmediata. La tardanza en aplicarlo se debió a la necesidad de pasar de un sistema mecánico a uno electrónico. Ello lo logró por Sylvania Electronics en 1957 y es de agradecer que el equipo de ingenieros reconoció en su totalidad la patente de Lamarr y Antheil.
El primer uso conocido de la patente se dio en la crisis de los misiles de Cuba. Durante esta crisis de 1962 se usó con este sistema el control remoto de boyas rastreadoras. La misma técnica se incorporó en alguno de los ingenios utilizados en la guerra de Vietnam y, más adelante, en el sistema estadounidense de defensa por satélite (Milstar) hasta que en la década de 1980 el sistema de espectro expandido vio sus primeras aportaciones en ingeniería civil. Así, con la irrupción masiva de la tecnología digital a comienzos de esa misma década, la conmutación de frecuencias pudo implantarse en la comunicación de datos WIFI.
Lamarr murió en Florida el 19 de enero de 2000. Su hijo hizo trasladar sus cenizas a Viena de acuerdo con los deseos de la actriz.
El Día del Inventor se celebra el 9 de noviembre (fecha de su cumpleaños), en su honor.